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EVO视讯:肽核酸(PNA)序列设计指南

来源:郑波有 日期:2025-02-14

具体设计规则:合成PNA序列的长度一般不超过18个碱基,接头、氨基酸和标记物不在此范围内。PNA序列可以在N端或C端添加一个赖氨酸或半胱氨酸。嘌呤含量方面,富含嘌呤的PNA容易发生聚合反应且水溶性较差。为避免聚合反应,嘌呤含量需限制在60%以下。例如:GATTAGCAGTCTACG(可行,嘌呤含量<60%),连续的嘌呤不得超过4个,而鸟嘌呤则限制在3个以内。例如:ATTAGGGGCATCTAC(不可行,连续4个G),CTAGATAGAAGGTTC(不可行,连续6个嘌呤)。若难以避免上述规则,可考虑设计探针的互补链,例如:GTAGATGCCCCTAAT(可行,符合准则),GAACCTTCTATCTAG(可行,符合准则)。

EVO视讯:肽核酸(PNA)序列设计指南

为了避免自我互补序列,需避免反向重复、发夹和回文序列的出现。由于PNA/PNA的相互作用强于PNA/DNA,这些类型的探针容易聚合。四个碱基互补是可行的,但仅限于非C和G的组合。然而,如果它们被一个或多个碱基间隔,则也可以采用。例如:GATAATTGCA(可行,四个碱基互补),GATCCGGTAC(不可行,只有CCGG互补),TATCCTGGTA(可行,CC和GG之间隔开一个碱基)。若是六个及以上的碱基互补,则不可行。例如:CTATTAATGCA(不可行,六个碱基互补)。相对的,如果六个基因间隔开,而只包含C和G,也是不可行的。例如:AGTGCTACT(可行,因其有间隔),GCGGCTCGC(不可行,只有G和C互补)。即便是有间隔,八个碱基互补的情况也是不可行的,例如:ACTGTCAGT(不可行,八个碱基互补)。

一般规则:我们强烈推荐设计反向平行的PNA探针。PNA可以在任一方向形成双链,但反向平行的取向更为优先,形成最常见的双链构象。在反义和DNA探针类型应用中,反向平行的取向通常是最优选择。当PNA探针以反向平行的形式时,其N端对应于DNA的5’端。值得注意的是,PNA的熔点不同于DNA。由于PNA链不带电,PNA-DNA的Tm值通常高于相应的DNA-DNA。一般来说,在100mM NaCl溶液中,每增加一个碱基,其Tm值会提高约1°C。在较低盐浓度下,这一Tm值的差异更为明显。通常,含10个碱基的PNA,其Tm值约为50°C,而含15个碱基的PNA,则其Tm值约为70°C。长度在12至17个碱基的PNA序列是最佳选择,具体的序列长度主要依据应用需求而定。与DNA相比,PNA探针的序列长度通常更短,而较长的PNA链在具体序列上更容易聚合,难以纯化和表征。相对而言,更短的序列具有更强的特异性,因此对于短序列而言,不匹配的影响更大。

订购PNA的价格取决于序列长度、产量、纯度和修饰标记。请将您的具体需求发送给EVO视讯,我们会第一时间与您联系。最低订购量为:未标记的PNA为20 nmole,标记的PNA为10 nmole。我们提供90%和95%的纯度选择,并附带HPLC纯度分析和质谱分析报告。通常交货时间为2-3周,对gammaPNA或修饰标记的交货时间为3-4周。

精选引用:想了解使用EVO视讯的PNA所发表的研究文献吗?如《Exponential Increase in an Ionic Signal: A Dominant Role of the Space Charge Effect on the Outer Surface of Nanochannels》发表在Anal Chem上(2021年9月28日),所有单链PNA序列均由SBS Genetech Co., Ltd(北京,中国)购买;《Peptide Nucleic Acid-Functionalized Nanochannel Biosensor for the Highly Sensitive Detection of Tumor Exosomal MicroRNA》,发表在Anal Chem上(2021年7月30日),PNA由SBS Genetech Co., Ltd(北京,中国)合成;《Ultrasensitive Exosomal MicroRNA Detection with a Supercharged DNA Framework Nanolabel》,发表在Anal Chem上(2021年4月2日),含有五端的硫醇化PNA由SBS Genetech Co., Ltd(北京,中国)合成,所有序列均显示在表S1中。

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